glucose-syrup/utils/ParseUtils.h

   1 /************************************************************************************[ParseUtils.h]
   2 Copyright (c) 2003-2006, Niklas Een, Niklas Sorensson
   3 Copyright (c) 2007-2010, Niklas Sorensson
   4
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  10
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  13
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  19 **************************************************************************************************/
  20
  21 #ifndef Glucose_ParseUtils_h
  22 #define Glucose_ParseUtils_h
  23
  24 #include <stdlib.h>
  25 #include <stdio.h>
  26 #include <math.h>
  27
  28 #include <zlib.h>
  29
  30 namespace Glucose {
  31
  32 //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  33 // A simple buffered character stream class:
  34
  35 static const int buffer_size = 1048576;
  36
  37
  38 class StreamBuffer {
  39     gzFile        in;
  40     unsigned char buf[buffer_size];
  41     int           pos;
  42     int           size;
  43
  44     void assureLookahead() {
  45         if (pos >= size) {
  46             pos  = 0;
  47             size = gzread(in, buf, sizeof(buf)); } }
  48
  49 public:
  50     explicit StreamBuffer(gzFile i) : in(i), pos(0), size(0) { assureLookahead(); }
  51
  52     int  operator *  () const { return (pos >= size) ? EOF : buf[pos]; }
  53     void operator ++ ()       { pos++; assureLookahead(); }
  54     int  position    () const { return pos; }
  55 };
  56
  57
  58 //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  59 // End-of-file detection functions for StreamBuffer and char*:
  60
  61
  62 static inline bool isEof(StreamBuffer& in) { return *in == EOF;  }
  63 static inline bool isEof(const char*   in) { return *in == '\0'; }
  64
  65 //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  66 // Generic parse functions parametrized over the input-stream type.
  67
  68
  69 template<class B>
  70 static void skipWhitespace(B& in) {
  71     while ((*in >= 9 && *in <= 13) || *in == 32)
  72         ++in; }
  73
  74
  75 template<class B>
  76 static void skipLine(B& in) {
  77     for (;;){
  78         if (isEof(in)) return;
  79         if (*in == '\n') { ++in; return; }
  80         ++in; } }
  81
  82 template<class B>
  83 static double parseDouble(B& in) { // only in the form X.XXXXXe-XX
  84     bool    neg= false;
  85         double accu = 0.0;
  86         double currentExponent = 1;
  87         int exponent;
  88
  89     skipWhitespace(in);
  90     if(*in == EOF) return 0;
  91     if      (*in == '-') neg = true, ++in;
  92     else if (*in == '+') ++in;
  93     if (*in < '1' || *in > '9') printf("PARSE ERROR! Unexpected char: %c\n", *in), exit(3);
  94         accu = (double)(*in - '0');
  95         ++in;
  96         if (*in != '.') printf("PARSE ERROR! Unexpected char: %c\n", *in),exit(3);
  97         ++in; // skip dot
  98         currentExponent = 0.1;
  99     while (*in >= '0' && *in <= '9')
 100         accu = accu + currentExponent * ((double)(*in - '0')),
 101                 currentExponent /= 10,
 102         ++in;
 103         if (*in != 'e') printf("PARSE ERROR! Unexpected char: %c\n", *in),exit(3);
 104         ++in; // skip dot
 105         exponent = parseInt(in); // read exponent
 106         accu *= pow(10,exponent);
 107         return neg ? -accu:accu;
 108 }
 109
 110
 111 template<class B>
 112 static int parseInt(B& in) {
 113     int     val = 0;
 114     bool    neg = false;
 115     skipWhitespace(in);
 116     if      (*in == '-') neg = true, ++in;
 117     else if (*in == '+') ++in;
 118     if (*in < '0' || *in > '9') fprintf(stderr, "PARSE ERROR! Unexpected char: %c\n", *in), exit(3);
 119     while (*in >= '0' && *in <= '9')
 120         val = val*10 + (*in - '0'),
 121         ++in;
 122     return neg ? -val : val; }
 123
 124
 125 // String matching: in case of a match the input iterator will be advanced the corresponding
 126 // number of characters.
 127 template<class B>
 128 static bool match(B& in, const char* str) {
 129     int i;
 130     for (i = 0; str[i] != '\0'; i++)
 131         if (in[i] != str[i])
 132             return false;
 133
 134     in += i;
 135
 136     return true;
 137 }
 138
 139 // String matching: consumes characters eagerly, but does not require random access iterator.
 140 template<class B>
 141 static bool eagerMatch(B& in, const char* str) {
 142     for (; *str != '\0'; ++str, ++in)
 143         if (*str != *in)
 144             return false;
 145     return true; }
 146
 147
 148 //=================================================================================================
 149 }
 150
 151 #endif