Robust/src/Benchmarks/SingleTM/Genome/Genome.java

   1 public class Genome extends Thread {
   2   int geneLength;
   3   int segmentLength;
   4   int minNumSegment;
   5   int numThread;
   6
   7   int threadid;
   8
   9   // add segments, random, etc to member variables
  10   // include in constructor
  11   // allows for passing in thread run function
  12   Random randomPtr;
  13   Gene genePtr;
  14   Segments segmentsPtr;
  15   Sequencer sequencerPtr;
  16
  17   Genome(String x[]) {
  18     parseCmdLine(x);
  19     if(numThread == 0) {
  20       numThread = 1;
  21     }
  22
  23     randomPtr = new Random();
  24     randomPtr.random_alloc();
  25     randomPtr.random_seed(0);
  26
  27     genePtr = new Gene(geneLength);
  28     genePtr.create(randomPtr);
  29
  30     segmentsPtr = new Segments(segmentLength, minNumSegment);
  31     segmentsPtr.create(genePtr, randomPtr);
  32
  33     sequencerPtr = new Sequencer(geneLength, segmentLength, segmentsPtr);
  34   }
  35
  36   Genome(int myThreadid, int myGeneLength, int mySegLength, int myMinNumSegs, int myNumThread, Random myRandomPtr, Gene myGenePtr, Segments mySegmentsPtr, Sequencer mySequencerPtr) {
  37     threadid = myThreadid;
  38     geneLength = myGeneLength;
  39     segmentLength = mySegLength;
  40     minNumSegment = myMinNumSegs;
  41     numThread = myNumThread;
  42
  43     randomPtr = myRandomPtr;
  44     genePtr = myGenePtr;
  45     segmentsPtr = mySegmentsPtr;
  46     sequencerPtr = mySequencerPtr;
  47   }
  48
  49   public void parseCmdLine(String args[]) {
  50     int i = 0;
  51     String arg;
  52     while (i < args.length && args[i].startsWith("-")) {
  53       arg = args[i++];
  54       //check options
  55       if(arg.equals("-g")) {
  56         if(i < args.length) {
  57           this.geneLength = new Integer(args[i++]).intValue();
  58         }
  59       } else if(arg.equals("-s")) {
  60         if(i < args.length) {
  61           this.segmentLength = new Integer(args[i++]).intValue();
  62         }
  63       } else if(arg.equals("-n")) {
  64         if(i < args.length) {
  65           this.minNumSegment = new Integer(args[i++]).intValue();
  66         }
  67       } else if(arg.equals("-t")) {
  68         if(i < args.length) {
  69           this.numThread = new Integer(args[i++]).intValue();
  70         }
  71       }
  72     }
  73
  74   }
  75
  76   public void run() {
  77     Barrier.enterBarrier();
  78     Sequencer.run(threadid, numThread, randomPtr, sequencerPtr);
  79     Barrier.enterBarrier();
  80   }
  81
  82   public static void main(String x[]){
  83
  84     System.out.print("Creating gene and segments... ");
  85     Genome g = new Genome(x);
  86
  87     System.out.println("done.");
  88     System.out.println("Gene length     = " + g.genePtr.length);
  89     System.out.println("Segment length  = " + g.segmentsPtr.length);
  90     System.out.println("Number segments = " + g.segmentsPtr.contentsPtr.size());
  91     System.out.println("Number threads  = " + g.numThread);
  92
  93
  94     Barrier.setBarrier(g.numThread);
  95
  96     /* Create and Start Threads */
  97
  98     String gene = g.genePtr.contents;
  99     Genome[] gn = new Genome[g.numThread];
 100
 101     for(int i = 1; i<g.numThread; i++) {
 102       gn[i] = new Genome(i, g.geneLength, g.segmentLength, g.minNumSegment, g.numThread, g.randomPtr, g.genePtr, g.segmentsPtr, g.sequencerPtr);
 103     }
 104
 105     System.out.print("Sequencing gene... ");
 106
 107     for(int i = 1; i<g.numThread; i++) {
 108       gn[i].start();
 109     }
 110
 111     Barrier.enterBarrier();
 112     Sequencer.run(0, g.numThread, g.randomPtr, g.sequencerPtr);
 113     Barrier.enterBarrier();
 114
 115
 116     System.out.println("done.");
 117
 118     /* Check result */
 119     {
 120       String sequence = g.sequencerPtr.sequence;
 121       boolean result = (gene.compareTo(sequence) == 0) ? true:false;
 122       System.out.println("Sequence matches gene: " + (result ? "yes" : "no"));
 123       //DEBUG
 124       //if (result) {
 125       // System.out.println("gene     = " + gene);
 126       // System.out.println("sequence = " + sequence);
 127       //}
 128     }
 129
 130   }
 131 }