new makefile and rewritten benchmark

new makefile for running 1, 2 and 4 threads

Add script

bug fixes and some more changes

barrier bug fix

barrier bug -> new hack

barrier bug fix -> new hack and align prints

SOR benchmark

bug fixes and changes to the matrixmultiply benchmark

add java option to increase memory available to the JVM

Add correct atomic blocks to benchmark

New benchmark

fix compiler bug

Debug statements

add valueof method for booleans

Debug Barrier

add multi-thread simulator for multi-core version codes. Also add two new files in Runtime directory to hold multi-core related codes.

changes to the barrier and rearrange atomic statements in the run method

add our barrier

Add yield

bug fixes

bugs

Add new benchmark...still have compile errors

Test construction of disjoint graphs and let parameters have references
to a node in them.  These should not result in an alias.

Add java version of Crypt benchmark

fully compiled version of Crypt benchmark

make clearprefetch cache commands into barriers for prefetches

changes and bug fixes

more options

things to do

more changes

code changes

Properly use transitive closure of allocation sites when resolving
a FlatCall node, and related extensions to the node classes.

Needs some cleanup though!

Clean up code

add new option "-robustroot" to enable setting up ROBUSTROOT. Defaulty it is set as ~/research/Robust/src.

Comment out code that is breaking compile....please check in the code this needs to compile.

Whenever running ownership analysis, spit out a file with
all detected aliases between parameters and/or allocation
sites.

Before writing a dot file, remove all symbols that confuse
the dot syntax from the graph's name.

bug fixes to prefetch printing code

add codes for generating multi-core version binary. Also add options -multicore & -raw into the buildscript

changes to bigraph....Alokika's are included in this commit

patches to:
1) fix locality analysis bug
2) remove work around from em3d
3) rewrite em3d parsing
4) generate syntactically good code for native method calls inside atomic regions...no guarantees about whether the code is safe...

hack to work around analysis bug

Add join stuff

bug fixes

java version for MatrixMultiply

try to add join support

various changes

add native method for clearing prefetch cache to System.java

changed fillTable() to static method

Print out warning message instead of throwing exception if someone calls static method on an object.

compile error fixes

major changes to prefetching code

java version of Em3d benchmark

New benchmark

New benchmark

fix bugs in sockpool...test and set has to be atomic

changes

A little code cleanup and support for different options when writing
ownership graphs to dot files.

Fixed a bug in assigning temp to new allocation.  Clear other references
from the destination temp before assigning a reference to the newest heap
region for the allocation site.

complete hashtable implementation with separate socket pools for read and
prefetch.
commented out array implementation of socket pools

changes

single socketpool version with spin locks

Altered ownership graph to dot file by removing label nodes, marking allocation
site nodes with the object type, numbering heap regions allocated for a parameter
by the parameter index and tested that initial parameter relfexive edges get
clobbered by code that introduces a self-reference.

bug fix for Atomic5.java testcase

Retain properties of edges that are mapped from callee to a caller graph.

When performing the operations:
  assignTempToTemp
  assignTempToField
  assignFieldToTemp
the newly created reference edge was copying the properties of the
edges from labels (or other heap regions) that led to the src, dst
pair.  It creates bugs like when creating a reference from one
parameter's heap region to another, it would copy the special
"initial parameter reflexive edge" property to what is otherwise a
normal edge.  All new edges using these three basic assignment
operations are now created with no special properties.  In other
words, the context of the new edge alone should determine its
properties.

Stable capture.
Method call resolution algorithm is drafted, but clearly there are bugs
because a simple program with an alias-creating method doesn't reflect
the correct heap structure in the caller graph.

small change to make the naming of output dot files generated by analysis stage and simulation stage consistent

fix bug in ScheduleAnalysis.splitSNode()

code change

small changes

Stable capture of work on method call resolution, specifically the guts
of it in OwnershipGraph.java.  Added a new attribute to the
ReferenceEdgeProperties class indicating an initial reflexive param edge.

completed and tested socket reuse code for trans read and trans prefetch() messages

remove debug code

fixed other small issues

bugs

loop exit detection

rewrite arrays for efficiency

code change for bug Jim posted about

Got clarification on how to resolve method calls, introduced concept of
a set of possible callees on virtual dispatch, have to take the merge of
those ownership graphs and allocation sites to be correct.  Stable, but
only a draft of the OwnershipAnalysis portion.  OwnershipGraph mechanics
to determine mapping of references in callee merge-o-tron to caller graph
not added yet.

revert this change

changes

mistakes in changes

more changes

changes to prefetch analysis to simplify code

clean up some equal methods

fix some bugs

more changes

correct bug in new code

*** empty log message ***

set true probability on command line

clean up prefetch generation code

bug fixes

changes

printflat option

change makefile to exclude methods from generating prefetches

need quotes

bug fix for OBJECT_NOT_FOUND error in prefetch cache due to unknown oid
computation using offsets for array elements

add exclude option